Nach Ansicht von einigen jüdischen Vertretern bringe die deutsche Beschneidungsdebatte einen neuen Antisemitismus zum Ausdruck und sei vor dem Hintergrund des Nationalsozialismus zu betrachten.[207] Für die Europäische Rabbinerkonferenz ist das Kölner Urteil „der schwerste Angriff auf jüdisches Leben seit dem Holocaust“. Sie warf Beschneidungskritikern vor, „die Sprache der Menschenrechte“ als „neue Sprache des Antisemitismus zu missbrauchen“.[208] Auch der Sozialwissenschaftler Samuel Salzborn bestätigte, dass sich gerade in der Beschneidungskontroverse exemplarisch gezeigt habe, „wie verdichtet und zugleich tief verankert antisemitische Ressentiments in den psychischen Strukturen“ von Antisemiten seien.[209]